无踪的风 发表于 2024-4-3 23:03:52

[python]化学小代码，区分小分子的异同

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import rdFingerprintGenerator
from rdkit.Chem import DataStructs
from rdkit.Chem import SDMolSupplier, SDWriter

def similarity_filter_tversky(ref_smiles, sdf_filename, output_filename):
    # 从参考分子 SMILES 字符串中构建 RDKit 分子对象
    ref = Chem.MolFromSmiles(ref_smiles)
    if ref is None:
      print("无法解析参考分子的 SMILES")
      return
   
    # 创建 RDKit 分子指纹生成器
    fpgen = rdFingerprintGenerator.GetMorganGenerator(radius=2, fpSize=1024)
   
    # 从 SDF 文件中读取分子
    suppl = SDMolSupplier(sdf_filename)
    if suppl is None:
      print("无法读取 SDF 文件")
      return
   
    # 创建输出 SDF 文件的写入器
    writer = SDWriter(output_filename)
   
    # 遍历每个分子
    for mol in suppl:
      if mol is None:
            print("无法解析 SDF 文件中的分子")
            continue
         
      # 计算参考分子和当前分子的 Tversky 相似性
      fp1 = fpgen.GetCountFingerprint(ref)
      fp2 = fpgen.GetCountFingerprint(mol)
      simi = DataStructs.cDataStructs.TverskySimilarity(fp1, fp2, 0.05, 0.95)
         
      # 如果相似性大于 0.4，则将该分子写入输出文件
      if simi > 0.4:
            writer.write(mol)
            print(f"分子与参考分子相似性: {simi}, 分子已保留")
      else:
            print(f"分子与参考分子相似性: {simi}, 分子被过滤")
   
    writer.close()
    print("处理完成")

# 使用示例
reference_smiles = "C1(C2=CC=CC=C2)=CC=CC=C1"
sdf_file = "input.sdf"
output_sdf_file = "output_tversky.sdf"
similarity_filter_tversky(reference_smiles, sdf_file, output_sdf_file)

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